La science

Traitement des échantillons

Des analyses de laboratoire avancées pour des résultats génétiques précis

Le laboratoire de Personalized Prescribing

Nous traitons les échantillons chez PGX Lab Solutions, une division de Personalized Prescribing.

Situé dans la région du Grand Toronto.

Dès leur arrivée, le traitement des échantillons suit notre rigoureux protocole en sept étapes.

Notre protocole de traitement

Extraction de l’ADN

L’ADN est extrait de l’échantillon prélevé par écouvillon à l’aide d’une trousse d’extraction d’ADN automatisée Thermo Fisher.

Vérification de la qualité

La concentration de l’ADN purifié est mesurée pour vérifier la qualité de l’extraction.

Amplification de l’ADN

L’ADN purifié est amplifié à l’aide d’amorces d’extension iPLEX pour l’analyse des SNP ou des mutations somatiques. Agena Bioscience conçoit sur mesure tous les oligonucléotides utilisés pour l’amplification par PCR et les réactions d’extension iPLEX.

Réaction d’extension

Après la PCR, les nucléotides en excès sont déphosphorylés par la phosphatase alcaline de crevette (SAP). Suit une réaction d’extension iPLEX d’une seule base, qui fait intervenir des amorces d’extension oligonucléotidiques, une enzyme d’extension et des didésoxynucléotides terminateurs à masse modifiée. Les amorces s’hybrident à côté des sites de SNP et s’allongent par l’incorporation d’une seule base complémentaire.

Préparation des échantillons

Les produits d’extension sont dessalés avec la résine Clean Resin, puis transférés, par distribution manuelle ou au moyen d’un nanodistributeur automatisé, sur une puce SpectroCHIP Array, où ils cristallisent avec la matrice MALDI prédéposée.

Analyse par spectrométrie de masse

La puce SpectroCHIP Array est chargée dans l’analyseur MassARRAY pour l’irradiation au laser, qui provoque la désorption et l’ionisation. Les molécules chargées positivement sont accélérées vers un détecteur. La séparation par temps de vol s’effectue proportionnellement à la masse moléculaire. L’ensemble du processus, du tir laser à la détection du signal, prend moins de 50 minutes pour analyser 384 échantillons.

Électrophorèse capillaire sur gel

Chez PGX Lab Solutions, nous allons au-delà du génotypage standard des SNP. Grâce à l’électrophorèse capillaire sur gel, nous mesurons la longueur physique de segments d’ADN complexes appelés répétitions en tandem en nombre variable (VNTR). Cette technologie de précision est essentielle à l’analyse des régions polymorphes de SLC6A4, SLC6A3, MAO-A et DRD4, et fournit les données mécanistiques nécessaires à l’évaluation de la réponse aux médicaments.