Laboratoire de prescription personnalisé
Personalized Prescribing Inc. traite les échantillons de test Rx-Report™ dans son propre laboratoire, PGX Lab Solutions, situé dans la région du Grand Toronto. Une fois les échantillons (écouvillons) reçus au laboratoire, le processus démarre.
Étape 1
L'ADN est extrait de l'échantillon d'écouvillon à l'aide d'un kit d'extraction d'ADN automatisé Thermo Fisher.
Étape 2
La concentration d’ADN purifié est mesurée pour confirmer la qualité de l’ADN extrait.
Étape 3
L'ADN purifié est amplifié à l'aide d'amorces d'extension iPLEX pour chaque SNP ou mutation somatique d'intérêt. Tous les oligos pour l'amplification par PCR et les réactions d'extension iPLEX sont conçus sur mesure par Agena Bioscience.
Étape 4
Après l'amplification par PCR, les nucléotides excédentaires sont déphosphorylés par la phosphatase alcaline de crevette (SAP). Cette étape est suivie de la réaction d'extension d'une seule base iPLEX, au cours de laquelle un mélange d'amorces d'extension oligonucléotidiques, conçues pour s'hybrider aux fragments d'ADN amplifiés, est ajouté à une enzyme d'extension et à des terminateurs didésoxynucléotidiques modifiés en masse. Les amorces d'extension s'hybrident directement à proximité de chaque site SNP à analyser et sont allongées et terminées par une seule base complémentaire dans le site cible du génotypage.
Étape 5
Les produits d'extension (analytes) sont dessalés à l'aide de Clean Resin, puis transférés de la plaque de microtitration via une distribution manuelle ou un nanodistributeur automatisé sur un SpectroCHIP® Array, où ils cristallisent avec une matrice MALDI pré-détachée.
Étape 6
La matrice SpectroCHIP est chargée dans l'analyseur MassARRAY, où les cristaux d'analyte sont irradiés par un laser, ce qui provoque une désorption et une ionisation. Les molécules chargées positivement accélèrent dans un tube de vol en direction d'un détecteur. La séparation s'effectue par temps de vol proportionnel à la masse de chaque molécule. Après chaque impulsion laser, le détecteur enregistre le temps de vol relatif de chaque produit d'extension et les résultats s'affichent automatiquement grâce au logiciel Typer. L'ensemble du processus, du tir laser à la détection du signal, prend moins de 50 minutes pour analyser 384 échantillons.
