Glossaire
L'ADN (acide désoxyribonucléique) est la molécule qui porte l'information génétique. On peut le considérer comme le schéma directeur de la fabrication et du maintien de toutes les cellules et de tous les tissus d'un organisme vivant.
L'ADN se trouve dans un compartiment de la cellule appelé noyau, où il est compacté pour former des structures appelées chromosomes. Les humains possèdent 23 paires de chromosomes qui contiennent tous nos gènes.
L'ADN est constitué d'unités moléculaires répétitives appelées nucléotides. Les nucléotides contiennent l'une des quatre bases azotées suivantes : l'adénine (A), la thymine (T), la cytosine (C) et la guanine (G). Ces bases s'assemblent dans différents ordres au sein d'une molécule d'ADN pour former la séquence d'ADN (par exemple, ATGGCC). L'ordre des bases est lu et copié dans une molécule apparentée appelée ARN. Les instructions contenues dans l'ARN sont ensuite utilisées pour construire des protéines.
Les protéines sont constituées d'acides aminés. Il existe 20 acides aminés différents qui s'assemblent dans des ordres différents pour former des protéines uniques.
Les protéines sont les principales ouvrières de nos cellules. Elles accomplissent des activités essentielles au bon fonctionnement de notre organisme. Elles jouent différents rôles, comme contribuer aux réactions chimiques, contrôler le flux de molécules entrant et sortant des cellules, servir de capteurs pour réagir aux changements cellulaires et communiquer avec et entre les cellules.
Certaines protéines permettent le déplacement d'autres molécules et d'autres servent de composants structurels au sein des cellules. Elles influencent grandement nos caractéristiques physiques et le fonctionnement de notre corps.
L'ADN contient une quantité immense d'informations. Une partie d'une molécule d'ADN peut contenir des instructions pour la couleur des yeux, tandis qu'une autre peut contenir des instructions pour la régulation du système immunitaire. Ces portions d'ADN sont appelées gènes. Chaque gène commande la production d'un ARN spécifique, lequel peut conduire à la production d'une protéine spécifique influençant un trait. Par exemple, les gènes qui contrôlent la couleur des yeux contiennent des instructions pour la production de protéines qui affectent la pigmentation de vos yeux.
Nous héritons de nos gènes de nos parents. Lors de la fécondation, chaque personne reçoit une copie des gènes de sa mère et une copie de son père. Cela signifie que nous possédons tous deux copies de chaque gène. L'interaction entre les deux produits génétiques contribue à déterminer le caractère qui en résultera. C'est pourquoi vous pouvez avoir les yeux de votre mère et les cheveux de votre père.
Les gènes ont des formes ou versions alternatives appelées allèles. Par exemple, un gène de la couleur des yeux peut avoir deux allèles : marron et bleu. Les allèles sont des formes différentes d'un même gène, ils sont donc présents au même endroit sur les deux chromosomes.
Le patrimoine génétique d'une personne est son génotype, tandis que sa caractéristique visible est son phénotype. Si les deux allèles d'un gène sont identiques, la personne est homozygote pour ce trait. Une personne possédant deux copies de l'allèle des yeux bleus est homozygote pour les yeux bleus et son phénotype est probablement la couleur des yeux bleus. Si les deux allèles sont différents, la personne est hétérozygote pour ce trait. Par exemple, une personne possédant un allèle pour les yeux marron et un allèle pour les yeux bleus est hétérozygote et, dans ce cas, son phénotype est probablement la couleur des yeux marron. De nombreux traits, comme la couleur des yeux, sont influencés par plusieurs gènes. Outre le génotype, l'environnement joue également un rôle dans le phénotype. Par exemple, l'interaction entre le génotype et l'alimentation (environnement) influence la taille (phénotype).
Tout comme notre environnement, les gènes influencent de nombreux aspects de notre vie, notamment notre apparence, notre prédisposition aux maladies et la façon dont nous réagissons aux médicaments.
La variation génétique se produit lorsque des modifications sont apportées à la séquence d’ADN, notamment :
- Un changement d'un nucléotide pour un autre
- Suppression, insertion ou inversion de nucléotides
- Translocation d'un segment d'ADN d'un chromosome à un autre
Parfois, les variants génétiques sont dus à la modification d'un seul nucléotide de la séquence d'ADN. Par exemple, la séquence ATGCGA peut être modifiée en ATGCGT. Ces variants sont appelés polymorphismes d'un seul nucléotide (SNP). Certains SNP peuvent être hérités ensemble. Cet ensemble de SNP est appelé haplotype. Les SNP et les haplotypes sont utiles aux chercheurs car ils sont parfois corrélés à la réponse aux médicaments et au risque de maladie.
Un allèle est une forme alternative d'un gène ou d'une séquence d'ADN. Les variations des traits cliniques et des phénotypes sont dites alléliques si elles proviennent de la même séquence génétique ou du même locus, et non alléliques si elles proviennent de séquences génétiques différentes de locus différents.
L'ensemble spécifique de deux allèles hérités à un locus génétique.
La combinaison d'allèles marqueurs liés (il peut s'agir de polymorphismes ou de mutations) pour une région donnée de l'ADN sur un seul chromosome.
Nom collectif de plusieurs projets lancés en 1986 par le Département de l'Énergie des États-Unis (DOE) pour créer un ensemble ordonné de segments d'ADN à partir de localisations chromosomiques connues, développer de nouvelles méthodes informatiques pour l'analyse des données de cartes génétiques et de séquences d'ADN, et développer de nouvelles techniques et instruments pour la détection et l'analyse de l'ADN. Cet effort national conjoint, mené par le DOE et les National Institutes of Health, était connu sous le nom de Projet Génome Humain. La première ébauche de la séquence d'ADN du génome humain, issue des travaux du Projet Génome Humain, a été achevée en 2001. Le Projet Génome Humain a officiellement pris fin en avril 2003.
Fait référence aux allèles situés à des loci suffisamment proches les uns des autres pour rester hérités ensemble à travers de nombreuses générations, car leur extrême proximité rend la recombinaison (croisement) entre eux hautement improbable.
Le site physique sur un chromosome occupé par un gène particulier ou une autre caractéristique identifiable d'une séquence d'ADN.
Allèle d'un polymorphisme biallélique moins fréquent dans la population étudiée. La fréquence des allèles mineurs correspond à la proportion du moins fréquent des deux allèles dans une population (chaque personne étant porteuse de deux allèles sur chaque locus autosomique) comprise entre moins de 1 % et moins de 50 %.
La combinaison d'une base contenant de l'azote, d'un sucre à 5 carbones et d'un groupe phosphate formant les A, G, C, T de la séquence d'ADN (ADN), par exemple.
Étude des gènes liés à la variation génétique contrôlée dans les réponses aux médicaments.
La nature observable totale d'un individu, résultant de l'interaction du génotype avec l'environnement.
Procédure dans laquelle des segments d'ADN (y compris des copies d'ADN d'ARN) peuvent être amplifiés à l'aide d'oligonucléotides flanquants appelés amorces et de cycles répétés de réplication par l'ADN polymérase.
Différence de séquence d'ADN entre individus pouvant expliquer des différences de santé. Les variations génétiques présentes chez plus de 1 % d'une population seraient considérées comme des polymorphismes utiles pour l'analyse de liaison génétique. La grande majorité des polymorphismes de l'ADN sont bénins et non associés à un phénotype détectable.
Variations de séquence d'ADN qui surviennent lorsqu'un seul nucléotide (A, T, C ou G) de la séquence génomique est altéré. Les SNP constituent la variante la plus abondante du génome humain et la source la plus courante de variation génétique, avec plus de 10 millions de SNP présents dans le génome humain, soit une densité d'un SNP pour environ 100 bases.
Variantes génétiques qui modifient la façon dont un individu métabolise ou réagit à un médicament spécifique.
La pharmacocinétique désigne le mouvement des médicaments dans l'organisme, à travers celui-ci et hors de celui-ci. Le type de réponse individuelle à un médicament dépend des propriétés pharmacologiques inhérentes du médicament à son site d'action. Cependant, la rapidité d'action, l'intensité et la durée de la réponse dépendent généralement de paramètres tels que :
- le taux et l’étendue de l’absorption du médicament à partir de son site d’administration ;
- la vitesse et l’étendue de la distribution du médicament dans différents tissus, y compris le site d’action ;
- le taux d'élimination du médicament de l'organisme.
La pharmacodynamie se définit comme la réponse de l'organisme au médicament. Elle fait référence à la relation entre la concentration du médicament au site d'action et les effets qui en résultent, à savoir l'intensité et la durée de l'effet, ainsi que les effets indésirables.
La pharmacodynamique est affectée par la liaison et la sensibilité des récepteurs, les effets post-récepteurs et les interactions chimiques.
La recherche pharmacogénomique est menée partout dans le monde depuis au moins 50 ans et constitue toujours un secteur scientifique en pleine expansion. La validité des preuves dans ce domaine peut être plus ou moins élevée.
L'importance des gènes dans l'efficacité des médicaments et le risque de toxicité est reconnue par la FDA (Food and Drug Administration), ainsi que par d'autres organismes scientifiques reconnus. Pour certains médicaments, des tests pharmacogénétiques sont même obligatoires.
Le Consortium de mise en œuvre de la pharmacogénétique clinique (CPIC) et le Groupe de travail néerlandais sur la pharmacogénétique (DPWG) sont deux des institutions scientifiques en pharmacogénomique les plus réputées au monde. Tous deux ont commencé à valider l'applicabilité de leurs recherches pharmacogénomiques à l'usage humain.
Les rapports de test Rx Report™ concernent uniquement les médicaments et les phénotypes validés par la FDA, le CPIC ou le DPWG. La pharmacogénomique est une science dynamique. Des recherches supplémentaires sont en cours et se poursuivront au cours des prochaines années et au-delà.
Personalized Prescribing Inc. informe et publie toute nouvelle validation par les institutions susmentionnées, y compris PharmGkb, dès sa publication. PharmGkb est une ressource de connaissances pharmacogénomiques qui englobe des informations cliniques, notamment des recommandations cliniques et des notices de médicaments, des associations gène-médicament potentiellement exploitables cliniquement et des relations génotype-phénotype.
