Laboratoire de prescription personnalisé

Personalized Predging Inc. traite les échantillons de test Rx-Report™ dans notre propre laboratoire de la région du Grand Toronto. Une fois que les échantillons de test (salive) atteignent le laboratoire, le processus commence.

Étape 1

L'ADN est extrait de l'échantillon de salive à l'aide d'un kit d'extraction d'ADN Thermo Fisher automatisé.

Étape 2

La concentration d'ADN purifié est mesurée pour confirmer la qualité de l'ADN extrait.

Étape 3

L'ADN purifié est amplifié en utilisant des amorces d'extension iPLEX pour chaque SNP ou mutation somatique d'intérêt. Tous les oligos pour l'amplification PCR et les réactions d'extension iPLEX sont conçus sur mesure par Agena Bioscience.

Étape 4

Après l'amplification PCR, les nucléotides en excès sont déphosphorylés par la phosphatase alcaline de crevette (SAP). Ceci est suivi par la réaction d'extension de base unique iPLEX dans laquelle un mélange d'amorces d'extension d'oligonucléotides, conçues pour s'hybrider aux fragments d'ADN amplifiés, est ajouté avec une enzyme d'extension et des terminateurs didésoxynucléotidiques à masse modifiée. Les amorces d'extension s'hybrident directement à côté de chaque site SNP à doser et sont étendues et terminées par une seule base complémentaire dans le site cible de génotypage.

Étape 5

Les produits d'extension (analytes) sont dessalés à l'aide de Clean Resin puis transférés de la plaque de microtitration via une distribution manuelle ou un nanodistributeur automatisé sur un SpectroCHIP® Array, où ils cristallisent avec une matrice MALDI pré-tachée.

Étape 6

Le SpectroCHIP Array est chargé dans l'analyseur MassARRAY, où les cristaux d'analyte sont irradiés par un laser, induisant une désorption et une ionisation. Les molécules chargées positivement accélèrent dans un tube de vol vers un détecteur. La séparation se produit par le temps de vol qui est proportionnel à la masse des molécules individuelles. Après chaque impulsion laser, le détecteur enregistre le temps de vol relatif pour chaque produit d'extension et les résultats sont affichés automatiquement à l'aide du logiciel Typer. L'ensemble du processus, du tir laser à la détection du signal, prend moins de 50 minutes pour analyser 384 échantillons.